W latach 1957–1960 był członkiem Rady Naukowej Instytutu Badań Literackich PAN, a także wieloletnim aktywnym członkiem krakowskiego oddziału PAN. Udzielał się jako członek licznych rad i towarzystw naukowych oraz społecznych, m.in. w komitecie redakcyjnym „Ruchu Literackiego” i „Rocznika Towarzystwa Literackiego im. Adama Mickiewicza”, Towarzystwie im. Marii Konopnickiej, Akademii Adama Mickiewicza w Bolonii czy Polskim Towarzystwie Współpracy Naukowej z Francją. Był członkiem Rady Wydawniczej „Prac Historycznoliterackich PAN”. Wypromował ponad 20 doktorów i kilkuset magistrów. W 1985 r. otrzymał tytuł doktora honoris causa WSP. Pochowany został na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera XLVI-4-6).
Zainteresowania naukowe W kręgu jego zainteresowań badawczych znajdowały się m.in. literatura romantyczna i młodopolska, twórczość pisarzy francuskich, teatrologia. Badał przez wiele lat twórczość Stanisława Wyspiańskiego i opublikował wiele szczegółowych artykułów w tym zakresie. Pod wpływem Kazimierza Wyki skupiał się także na badaniach nad dziełami Teofila Lenartowicza. Spośród pisarzy francuskich szczególnie pogłębione badania naukowe prowadził Nowakowski nt.: Romaina Rollanda, Franciszka Rabelais'a, Honoré'a Balzaca i Émile’a Zoli. Badał ponadto wzajemne związki literatur polskiej i francuskiej.