Po zakończeniu działań wojennych i rozwiązaniu Legionu, Mieczysław Bratkowski wrócił do Polski.
12 października 1918 został „odkomenderowany do służby w Sztabie Generalnym WP”. 20 listopada tego roku został formalnie przyjęty do Wojska Polskiego z byłej armii rosyjskiej z warunkowym zatwierdzeniem posiadanego stopnia podporucznika. Brał czynny udział w organizacji Legii Akademickiej i został mianowany adiutantem powstałego z Legii 36 Pułku Piechoty. Po powrocie do pracy w Naczelnym Dowództwie Mieczysław Bratkowski został referentem Komisji Regulaminowej Oddziału VII (Naukowego), do którego zadań należało kształcenie oficerów Naczelnego Dowództwa, opracowanie regulaminów obowiązujących w Wojsku Polskim, nadzór nad działalnością sekcji naukowej, przygotowanie gier wojennych. Do połowy lutego 1920 był referentem w Wydziale V (Defensywa) Biura Wywiadowczego, będącego Sekcją II Oddziału II Naczelnego Dowództwa, następnie, po awansie na porucznika, został kierownikiem WydziałuAndrzej Pepłoński, Wywiad w wojnie polsko-bolszewickiej 1919-1920. Bellona 2005, s. 46.Konrad Paduszek, Działalność propagandowa Służb informacyjno-wywiadowczych Wojska Polskiego w czasie wojny polsko-bolszewickiej 1919-1921: organizacja, metody, treści. A. Marszałek, 2004, s. 34.. Był również kierownikiem Wydziału Dywersyjno-Bojowego.