24 kwietnia 1937 krążownik w składzie sił głównych floty, z pancernikiem „Jaime I”, ostrzeliwał cele nabrzeżne w rejonie Malagi. Podczas powrotu z akcji, rano 25 kwietnia doszło do pierwszego starcia obu krążowników i niszczycieli republikańskich z ciężkimi krążownikami frankistowskimi „Canarias” i „Baleares” koło przylądka Palos, zakończonego bez strat po żadnej ze stron. 7 września 1937 doszło do starcia zespołu krążowników i niszczycieli republikańskich z krążownikiem „Baleares” koło przylądka Szarszal w Algierii. 29 grudnia „Méndez Núñez” stał się celem nalotu, został trafiony jedną bombą, lecz bez większych zniszczeń.
W nocy z 5 na 6 marca 1938 „Méndez Núñez” wraz z krążownikiem „Libertad” i 5 niszczycielami wziął udział w drugiej bitwie koło przylądka Palos, prowadząc pojedynek artyleryjski z wszystkimi trzema krążownikami frankistów, co umożliwiło republikańskim niszczycielom storpedowanie „Baleares”. Ostatnią operacją krążownika była próba osłony przedarcia się niszczyciela „Jose Luiz Diaz” z Gibraltaru 29 grudnia 1938, do którego jednak nie doszło.