Na skutek utraty większości terytorium przez siły rządowe oraz puczu frankistowskiego w Kartagenie, stacjonująca tam flota republikańska wyszła w morze i 7 marca 1939 została internowana w Bizercie.
Okręty zostały następnie zwrócone nowemu frankistowskiemu rządowi Hiszpanii i po obsadzeniu nowymi załogami, 2 kwietnia 1939 wyszły z Bizerty. Z uwagi na zużycie maszyn i przestarzałe uzbrojenie, „Méndez Núñez” trafił od razu do remontu, połączonego z modernizacją, która jednak znacznie przeciągnęła się w czasie. Rozpatrywany był wariant unowocześnienia artylerii przez instalację 6 nowszych dział 152 mm, o większej donośności, w trzech wieżach jak w typie Principe Alfonso. W 1940 zdecydowano jednak przebudować okręt na krążownik przeciwlotniczy, montując 8 pojedynczych dział uniwersalnych 120 mm jako główne uzbrojenie. Na dziobie i rufie zamontowane one były schodkowo na trzech poziomach. Jednocześnie znacznie zmodyfikowano nadbudówki, trzy kominy połączono w dwa i podniesiono pokład dziobowy.