Poniosły one wówczas bardzo ciężkie straty – zestrzelono 19 z 72 samolotów C-46.

Po wojnie C-46 nadal był wykorzystywany jako wojskowy samolot transportowy. Pod koniec 1945 kilkaset egzemplarzy przekazano jako nadwyżkę wojskową dla celów cywilnych operacji lotniczych. Samoloty te zostały odsprzedane do kilku linii lotniczych, jednak szybko okazało się, że koszty eksploatacji C-46 są o 50% wyższe niż samolotu Douglas C-47 Skytrain. Z tego powodu większość operatorów rezygnowała z dalszej eksploatacji C-46. W rezultacie jego wykorzystanie ograniczyło się do przewozu ładunków, i to tylko na niektórych trasach położonych zwłaszcza na terenach górskich lub w dżungli. C-46 powróciły do działań wojskowych podczas wojny koreańskiej i wojny wietnamskiej. Służyły w licznych misjach transportowych, zrzutów spadochroniarzy oraz do transportu tajnych agentów. Oficjalne wycofanie ze służby w amerykańskiej armii nastąpiło w 1968.