Z jednej strony podpisanie porozumienia zakończyło najkrwawszy konflikt zbrojny w powojennej Europie, z drugiej ustrój polityczny Bośni i Hercegowiny, określony w Dayton, utrwala odmienności pomiędzy dwiema częściami kraju, utrudnia racjonalne rządzenie i uważany jest obecnie za poważną przeszkodę w rozwoju kraju i jego integracji z Unią Europejską. thumb|center|700px|Podział Jugosławii po układzie z Dayton
Dyskusje wokół układu z Dayton W ostatnich latach coraz wyraźniejsze są głosy wzywające do zmiany postanowień układu z Dayton. Jedną z osób wzywających do przekształcenia Bośni i Hercegowiny w luźną konfederację jest Milorad Dodik, lider bośniackich Serbów. W grudniu 2021 r. parlament Republiki Serbskiej przyjął uchwały zakładające utworzenie m.in. odrębnego wojska i wyłączenie republiki spod jurysdykcji administracji centralnej. Zamiary władz Republiki Serbskiej spotykają się z przychylnością Federacji Rosyjskiej. Z drugiej strony chęć uzyskania dodatkowej autonomii wysuwa część społeczności chorwackiej - postulat dotyczy wręcz wyodrębnienie trzeciej części składowej Bośni i Hercegowiny, czemu sprzyja rząd sąsiedniej Chorwacji. Postulat ten cieszy się również wsparciem Serbów, którzy dostrzegli w nim możliwość osłabienia instytucji centralnych i roli rządu w Sarajewie.