Osobnym obszarem spornym pozostaje kwestia polityki historycznej - Bośniacy podkreślają m.in. serbskie zbrodnie popełnione w Srebrenicy czy też w trakcie oblężenia Sarajewa, co z kolei kwestionowane jest przez stronę serbską. Obecna konstrukcja systemu państwa sprawia, że przeprowadzenie jakichkolwiek reform jest bardzo trudne, zaś kluczowe decyzje zapadają z pominięciem demokratycznych instytucji, a przy głównej roli porozumienia między trzema partiami, tj. bośniacką Partią Akcji Demokratycznej, Chorwacką Wspólnotą Demokratyczną BiH oraz Serbskim Związkiem Niezależnych Socjaldemokratów. Wskazuje się przy tym na dużą rolę nepotyzmu i korupcji w polityce Bośni i Hercegowiny. Nagłaśnianie przez liderów politycznych podziałów i sprzeczności sprzyja budowaniu poczucia zagrożenia oraz mobilizuje elektorat. Od 2022 r. dodatkowym elementem sporu jest ocena rosyjskiej inwazji na Ukrainę – politycy bośniaccy i chorwaccy wyraźnie potępili agresję, zaś liderzy Republiki Serbskiej wzywali do nieprzyłączania się do zachodnich sankcji.