Małe budynki nie były w stanie pomieścić wszystkich uczniów, więc regens Franciszek Petrusa kupił trzeci – okazałą kamienicę, tzw. Kamienny Dom. Zamieszkali w nim nauczyciele i studenci już w 1600 roku, choć ostateczna transakcja po sporach z władzami miasta została zawarta dopiero w 1614 roku. Była to obszerna budowla z piwnicą, parterem i trzema kondygnacjami. Na parterze urządzono refektarz (jadalnię), kuchnię i pomieszczenia gospodarcze. Na pierwszym piętrze znajdowało się mieszkanie regensa, biblioteka, pokój do nauki oraz infirmeria. Na drugim piętrze była kaplica, sale wykładowe oraz mieszkania dla dwóch wykładowców. Trzecie piętro było przeznaczone dla studentów. Do kamienicy należały też zabudowania gospodarcze z tyłu budynku oraz ogród położony za murami miejskimi. W 1594 roku regens wykupił domek w tym ogrodzie z przeznaczeniem na schronisko, gdyby w mieście wybuchła epidemia. Królowa szwedzka, Katarzyna Jagiellonka, w testamencie zapisała alumnatowi w Braniewie 10000 talarów. Za oprocentowanie od tej sumy miało być utrzymywanych pięciu alumnów szwedzkiego pochodzenia.