Do 1626 roku alumni nie musieli chodzić w sutannach ani składać deklaracji przyjęcia święceń kapłańskich. Zamierzano w ten sposób przyciągnąć do alumnatu jak najwięcej studentów i rekatolizować kraje skandynawskie poprzez wykształcone osoby świeckie. W 1626 roku Stolica Apostolska wprowadziła jednak obowiązek składania przysięgi przyjęcia święceń po ukończeniu nauki. W tymże dekrecie wprowadzono też trzyletni zakaz wstępowania absolwentom uczelni do zakonu, gdyż wcześniej część absolwentów decydowała się wstąpić do jezuitów. W 1674 Kongregacja Rozkrzewiania Wiary wprowadziła dodatkowo obowiązkowe dla wszystkich wykłady z filozofii, teologii, języka hebrajskiego i greckiego. Decyzja ta spowodowała, że profil uczelni upodobnił się do seminarium diecezjalnego.
Kasata zakonów jezuitów przez papieża Klemensa XIV pod naciskiem królów Hiszpanii, Portugalii i Francji w 1773 roku przyczyniła się również do likwidacji alumnatów papieskich. Na ziemiach polskich niektóre alumnaty przejęły seminaria diecezjalne (jak to w Braniewie), inne zgromadzenia zakonne (np. bazylianie) lub misjonarze, lecz i one też zostały później skasowaneEncyklopedia wiedzy o jezuitach na ziemiach Polski i Litwy 1564-1995 / oprac. Ludwik Grzebień, s. 611.