Stan badań i sytuacja językowa Zalążki badań nad językami Halmahery i okolic oraz pierwsze próby określenia ich klasyfikacji przypadły na XIX wiek. W 1872 roku dostrzegł istotne różnice leksykalne między językami północnej Halmahery i pobliskich wysp a ościennymi językami austronezyjskimi, lecz jeszcze wtedy zakładano, że dalsze badania mogą umożliwić ich przypisanie do tej rodziny. Ostatecznie nieaustronezyjski charakter tych języków wykazał Hendrik van der Veen w swojej rozprawie z 1915 roku (De Noord-Halmahera’se taalgroep tegenover de Austronesiese talen), aczkolwiek nie rozpatrując ich relacji z rodzinami papuaskimi. Do ustanowienia ich związków z językami Nowej Gwinei przyczyniły się prace językoznawców Wilhelma Schmidta (pocz. XX w.) i H.K.J. Cowana (1957). Podobieństwa w systemie zaimków wskazują na ich pokrewieństwo z językami północno-zachodniej części wyspy – zwłaszcza językami zachodniej Ptasiej Głowy (West Bird’s Head, WBH); dodatkowo sugerują to pewne poszlaki w postaci danych słownikowych. Są zatem jedynymi językami papuaskimi – poza rejonem wyspy Timor – które nie funkcjonują w Melanezji.