W 1992 roku ukończył aspiranturę na swej Alma Mater.

Po zakończeniu studiów, w okresie 1992-95 pracował jako dyrektor laboratorium testowego MKK, w okresie 1995-96 jako zastępca dyrektora pol. Międzynarodowego Klubu Komputerowego, państwowej, publicznej organizacji non-profit. MKK zajmował się integracją rosyjskiej i zagranicznej techniki komputerowej oraz pozyskaniem nowoczesnej zagranicznej techniki informacyjnej. W 1998 roku rozpoczął pracę jako nadzorca informatyczny w moskiewskim urzędzie skarbowym, gdzie odpowiadał za przeprowadzanie procesu przepływu dokumentów. W latach 1999–2004 służył jako wiceminister ds. podatków w kilku rządach. W 2006 roku rozpoczął pracę jako główny zarządca służb katastralnych w Ministerstwie Rozwoju Gospodarczego Federacji Rosyjskiej. W 2003 r. Miszustin w Rosyjskiej Akademii Ekonomicznej imieniem G.W.Plechanowa obronił dysertację pol. „Mechanizm państwowego administrowania podatkowego w Rosji” i uzyskał stopień kandydata nauk ekonomicznych. W 2010 roku w Akademii Gospodarki Narodowej przy Rządzie Federacji Rosyjskiej broniąc dysertację pol. „Strategia kształtowania opodatkowania majątkowego w Rosji” uzyskał stopień doktora nauk ekonomicznych. W okresie 18 grudnia 2006 r. – 29 lutego 2008 r. Kierownik Federalnej Agencji Zarządzania Specjalnymi Strefami Ekonomicznymi.