We wrześniu 1939 jako ochotnik bronił przed Niemcami Warszawy, następnie działał w konspiracji – w strukturach Związku Walki Zbrojnej i Armii Krajowej. Po zakończeniu II wojny światowej administrował majątkiem ziemskim i zajmował się hodowaniem roślin (był cenionym hodowcą roślin uprawnych). Mocą uchwały Rady Państwa z dnia 6 grudnia 1957 odznaczony został Wielkopolskim Krzyżem Powstańczym. Za udział w powstaniu wielkopolskim został w 1973 awansowany do stopnia podpułkownika.
Zmarł w Poznaniu i spoczywa na tamtejszym cmentarzu Junikowo (pole 6, kwatera 1, rząd 18, miejsce 2A).
Pierwszą żoną Jerzego Kubickiego była Felicja (ur. 4 grudnia 1897, zm. 17 września 1941), córka majora Stanisława Szyftera (ur. 1868), która w powstaniu wielkopolskim była siostrą Czerwonego KrzyżaDane pochodzą z tablicy nagrobnej (https://billiongraves.pl/grave/Jerzy-Witalis-Kubicki/26168532).. Po jej śmierci ożenił się powtórnie. Miał córkę Marię (ur. 1925) oraz synów: Krzysztofa (ur.