Cechy fizyczne Molukańczyków nie są zasadniczo zgodne z klasyfikacją językową. Mieszkańcy północnych Moluków albo reprezentują typ indonezyjski (m.in. papuaskojęzyczne ludy Ternate, Tidore, Galela), albo wykazują cechy fizyczne kojarzone z ludnością papuaską (ludy austronezyjskie południowej Halmahery). Na centralnych i południowych Molukach typ fizyczny waha się od indonezyjskiego (np. w archipelagu Tanimbar, na wyspach Ambon, Seram i Buru) do papuaskiego (np. na wyspach Aru). Ludność północnej części Moluków (prowincja Moluki Północne) wyznaje przede wszystkim islam, w centralnej części wysp wyznawcy islamu i chrześcijaństwa mają mniej więcej równy udział w populacji, a na południowym wschodzie przeważa chrześcijaństwo. Mieszkańcy północnych Moluków stosunkowo wcześnie przyjęli islam, a chrześcijaństwo (katolicyzm i protestantyzm) było szerzone przez Portugalczyków i Holendrów.
Pewna populacja Molukańczyków (ok. 42–50 tys.) zamieszkuje Holandię. Grupa ta składa się głównie z potomków żołnierzy Królewskiej Armii Holenderskich Indii Wschodnich, którzy mieli się osiedlić w Holandii tylko na pewien czas, ale ostatecznie zostali zmuszeni do pozostania.