Misje Gracz ma do wyboru dwa rodzaje misji: misje główne i zadania dodatkowe. Misje główne (Main Ops) stanowią rdzeń fabularny gry i pozwalają graczowi popchnąć opowieść do przodu, podczas gdy zadania poboczne (Side Ops) są opcjonalne i obejmują różnorodne cele – od ćwiczeń celności w bazie po przejmowanie tajnych dokumentów. Po ukończeniu każdej z nich gracze otrzymują podsumowanie wyników, które zawiera przyznane wpływające na rangę gracza punkty heroizmu. Misje można powtarzać w celu uzyskania lepszych wyników i wyższej oceny. Przed rozpoczęciem operacji gracz ma możliwość wyboru postaci – do dyspozycji oddano mu żołnierzy zwerbowanych w poprzednich misjach.
Żołnierze, spośród których można dokonywać wyboru, różnią się statystykami. Niektóre misje są dostępne tylko dla Big Bossa, a inne są przeznaczone dla jego najemników. Gracz ma ograniczoną liczbę przedmiotów, które może ze sobą nosić, dlatego te zdobyte podczas misji wysyłane są do bazy macierzystej.
W grze jest do dyspozycji pięć typów uniformów: