Meyer w 1903 uważał, że metaplazji sprzyjać miałoby wpuklanie się nabłonka w podścielisko, pod wpływem czynników hormonalnych i zapalnych.
Kolejne hipotezy wysunęli: Pick w 1905, Halban w 1924, Navrital i Kramer w 1936, a John Sampson w 1925 roku – hipotezę „miesiączkowania wstecznego”.
W 1980 Weed i Arquembourg zaproponowali, że przyczyną choroby jest niewydolność układu immunologicznego wywodzącego się z przewodów Müllera. Dwa lata później Malick uznał, że u podłoża endometriozy leży wrodzona lub nabyta osłabiona aktywność fibrynolityczna otrzewnej.
Patogeneza choroby wciąż budzi duże kontrowersje; powszechność łagodnych postaci endometriozy Johannes Evers uznał za podstawę do twierdzenia, że "endometrioza nie istnieje"
Epidemiologia Ocenia się, że endometrioza występuje u 7–15% miesiączkujących kobietBręborowicz, Położnictwo i ginekologia s. 875. Rzadko występuje w okresie pomenopauzalnym oraz przed menarche. Opisano pojedyncze przypadki na świecie występowania endometriozy u mężczyzn leczonych hormonalnie z powodu raka gruczołu krokowego.