Patogeneza Ogniska endometriozy usytuowane są najczęściej wewnątrz jamy otrzewnej (w 94–97% przypadków) lub znacznie rzadziej poza nią (szyjka macicy, sklepienie pochwy, srom, pęcherz moczowy lub okolica pachwinowo-udowa). Powstają guzki, zrosty i torbiele czekoladowe. Patomechanizm jest różny w zależności od miejsca występowania „dodatkowej” tkanki. Teorie wyjaśniające: regurgitacja, inaczej „wsteczna menstruacja” (teoria Sampsona z 1927) – wydostanie się komórek endometrium do jamy otrzewnej poprzez jajowód. Być może u wielu kobiet dochodzi do wstecznego przepływu w czasie menstruacji, ale ich układ odpornościowy jest w stanie uprzątnąć komórki i zapobiec implantacji, implantacja (fizjologia) – rozprzestrzenianie się endometriozy bezpośrednio. Przeniesienie endometrium poza jamę macicy może nastąpić w trakcie porodu cesarskiego, w przypadku operacji laparoskopowych, a także po nacięciu krocza do blizn, metaplazja komórek wyściółki otrzewnej, rozsiew – w rzadkich przypadkach endometrioza może być przeniesiona drogą naczyń krwionośnych i limfatycznych do odległych narządów (płuca, mózg, kości). toksyny w środowisku - w badaniach laboratoryjnych ludzkie tkanki endometrium wystawione na działanie dioksyn (i związków dioksynopodobnych) i Polichlorowane bifenyle stawały się oporne na progesteron i podatne na zapalenie.