Pod koniec VII wieku papież Sergiusz I odrestaurował bazylikę oraz wzbogacił jej wyposażenie, podobnie jak w VIII wieku papież Hadrian I, który dodatkowo wzbogacił diakonię o majątek ziemski, aby zapewnić dochód, pozwalający wspomagać biedaków i pielgrzymów.
thumb|left|180px|Bazylika jeszcze z wysoką dzwonnicą, Giovanni Battista Falda (1665)
W 1512 roku kościół został przekazany franciszkanom Trzeciego Zakonu Regularnego (którzy opiekują się nim do chwili obecnej). W 1583 roku w bazylice odkryto rzekome relikwie świętych Marka i Marceliana, nie wiadomo jednak w jaki sposób trafiły tutaj, ani w jaki sposób zostały zidentyfikowane. W ciągu wieków doszło do znacznego podniesienia poziomu gruntu otaczającego kościół, tak że w efekcie podłoga bazyliki leżała znacznie niżej niż tereny wokół niej. W 1632 roku papież Urban VIII zarządził odnowienie bazyliki. Prace, prowadzone według projektu Orazio Torriani i kierowane przez Luigi Arrigucci z Florencji, doprowadziły do podniesienia poziomu podłogi o siedem metrów. Spowodowało to wyrównanie poziomu z otaczającym terenem, co zapobiegało zalewaniu przez wodę, ponadto dzięki temu krypta na pierwotnym poziomie podłogi. Podniesiono również wejście do bazyliki i ozdobiono je barokowym frontonem, a okrągła sala wejściowa otrzymała kopułę.