Dodatkowo po obu stronach nawy umieszczono po trzy boczne kaplice. Wstawiony został również rzeźbiony drewniany sufit z herbem papieża Urbana VIII oraz wykonano nowy ołtarz główny. Wcześniej bazylika po lewej stronie miała wysoką dzwonnicę o pięciu kondygnacjach nad linią dachu, została ona jednak rozebrana, by zrobić miejsce dla klasztoru, a wieżę zastąpiono niewielką dzwonnicą parawanową.
W 1880 roku, w związku z wykopaliskami na forum, obniżono wejście do westybulu bazyliki, wówczas zniszczono też barokowy fronton. Od tej pory dostęp do kościoła był poprzez sąsiadujący klasztor. Po II wojnie kontynuowano proces przekształcania dawnej świątyni Romulusa w starożytny pomnik. Nowe wejście do bazyliki zostało otwarte po stronie Via dei Fori Imperiali. W 1990 roku przeprowadzono dalsze prace w świątyni Romulusa. Została rozbita marmurowa podłoga z XVII wieku, dzięki czemu połączono kryptę z westybulem, tworząc ponownie jedną przestrzeń. Wejście zostało wyposażone w schody, dzięki czemu można wejść z forum, a ściany wewnętrzne zostały zdarte do cegły, w trakcie tego procesu odkryto kilka XIII-wiecznych fresków, które zostały zachowane.