Najpewniej odzwierciedla wpływy języków lokalnych, którymi posługiwali się pierwsi jego użytkownicy. W malajskim papuaskim zaobserwowano seryjne konstrukcje czasownikowe, które są właściwe dla języków Nowej Gwinei. Z języków lokalnych pochodzi też pewna grupa słownictwa, w tym wyrazy związane z miejscową kulturą. Oprócz tego w malajskim papuaskim występuje szereg różnic fonologicznych względem języka indonezyjskiego (brak pewnych głosek w wygłosie, uproszczenie dyftongów, różne realizacje głoski szwa). Cechy fonologii i semantyki bywają uzależnione od charakteru lokalnych języków. W nietypowej odmianie z regionu Równiny Jezior w ogóle nie występują głoski nosowe.
Według A. Kluge (2017) między regionami występują różnice fonologiczne i słownikowe, ale nie są one na tyle silne, by zakłócać komunikację. Nie dokonano dokładnej klasyfikacji jego dialektów, lecz analiza cech dźwiękowych daje podstawy do wyróżnienia dwóch hipotetycznych odmian: wschodniej i zachodniej. Wcześniej M. Donohue (2003) wyodrębnił cztery regionalne odmiany (północnej Papui, Ptasiej Głowy, Serui i południowego wybrzeża), stwierdzając przy tym, że z pewnością nie chodzi o jednolity wariant języka malajskiego (Papuan Malay), jako że w zależności od regionu występują wpływy różnych obszarów językowych.