Pojawiła się wątpliwość, czy można mówić o ich jedności oraz na ile dają się odgraniczyć od pokrewnych odmian z Moluków. Zdaniem A. Kluge, która przeanalizowała lokalną sytuację językową i socjolingwistyczną, jak najbardziej można wydzielić malajski papuaski jako samodzielny byt językowy – spójny wewnętrznie i odrębny od innych języków. Stwierdzono wręcz, że bez wcześniejszej styczności malajski papuaski nie jest wzajemnie zrozumiały z pozostałymi odmianami malajskiego, zwłaszcza zachodnimi (takimi jak język narodowy Indonezji). Równocześnie malajski papuaski jest ważnym składnikiem regionalnej tożsamości etnolingwistycznej.
Malajski papuaski dzieli szereg cech wspólnych z innymi językami malajskimi ze wschodniej Indonezji, ale w opinii A. Kluge analiza podobieństw i różnic pozwala uznać go za odrębną odmianę, o własnym przebiegu rozwoju – i swoistym profilu gramatyki. Świadczą o tym np. formy afiksów (w przypadku malajskiego papuaskiego bliższe formom indonezyjskim) i różnice w ich produktywności, różnice w przydawkowym zastosowaniu zaimków osobowych, a także niejednolity charakter reduplikacji w tych językach. Odmianę z Papui wyróżnia również znaczny wpływ substratu nieaustronezyjskiego, jako że autochtoniczne języki regionu nie są spokrewnione z malajskim.