Wiele rozczarowania doświadczył Chiniquy w związku z podejściem do Pisma Świętego, jakie musiał wykazywać. Początkowo bardzo ucieszył się, że w końcu wręczono mu jego ukochaną księgę. Jednak wszystko stało się jasne, kiedy kazano mu złożyć przysięgę, że nigdy nie będzie interpretował Pisma Świętego, jak tylko według jednomyślnej zgody Świętych OjcówCharles Chiniquy, „Pięćdziesiąt lat w Kościele Rzymskim”, Warszawa 2007, s. 100.. Okazało się to krzywoprzysięstwem, gdyż po zbadaniu poglądów tych Ojców, ujawniły się one jako zaprzeczenie jednomyślności. Przysięga miała jedynie na celu stworzenie pozorów, że nie osobista, lecz tylko rzymskokatolicka interpretacja jest słuszna. Studia ukończył w 1829 r.
Jako ksiądz Charles Chiniquy przyjął święcenia kapłańskie w 1833 r. Dał się przekonać, że najwspanialszą rzeczą, której będzie mógł dokonywać będzie moc do zamieniania hostii w prawdziwe Bóstwo, Ciało i Krew Jezusa ChrystusaCharles Chiniquy, „Pięćdziesiąt lat w Kościele Rzymskim”, Warszawa 2007, s. 105.. Od początku miał jednak wiele obiekcji w związku z podejściem do łaski Boga i Marii, jakie musiał reprezentować.