W maju 1947 Pogoń rozegrała swoje pierwsze mecze międzynarodowe przeciwko drużynom z Czechosłowacji, remisując z klubem Slavia Frývaldov (Jesionik) i wygrywając z SK Cukmantl (Zlaté Hory). 28 czerwca 1948 Pogoń pokonała na swoim boisku Polonię Bytom, występującą wówczas w I lidze. W lipcu 1948 Pogoń Prudnik zdobyła pierwsze miejsce na II Igrzyskach Włókniarzy w Łodzi, wygrywając 1:0 z ŁKS Łódź, 2:1 z Koroną Kraków i remisując z Widzewem Łódź i Włókniarzem Pabianice.
Jako triumfator opolskiego pucharu okręgowego w 1950, klub przystąpił do rozgrywek Pucharu Polski. Odpadł z rozgrywek w 1/32 finału, przegrywając 2:3 ze Stalą Ib Poznań. W 1952 zdobył tytuł mistrza Opolszczyzny i miał przystąpić do rozgrywek II ligi w przyszłym sezonie, jednak w związku z reorganizacją II ligi klub ostatecznie znalazł się w III lidze makroregionalnej.
W I rundzie Pucharu Polski 1961/1962 Pogoń zwyciężyła 1:0 przeciwko Arce Gdynia, a w II rundzie przegrała 1:5 z Karkonoszami Jelenia Góra. Sezon klub zakończył na pierwszym miejscu w opolskiej lidze okręgowej i awansował do baraży o II ligę.