W eliminacjach zajął ostatnie miejsce w grupie z Olimpią Poznań, Dębem Katowice i Górnikiem Thorez Wałbrzych, i nie uzyskała awansu. mały|Mecz Pogoni Prudnik z Odrzanką Dziergowice (2021) Pod koniec 1966, w Pucharze Polski na szczeblu centralnym Pogoń pokonała w I rundzie Victorię Wałbrzych 2:0, a w II przegrała z Unią Oświęcim w rzutach karnych 3:4. W październiku 1967 Pogoń Prudnik, jako jeden z sześciu zasłużonych klubów na Opolszczyźnie, została odznaczona przez Główny Komitet Kultury Fizycznej „Medalem 100-lecia Sportu Polskiego”.
W sezonie 1973/1974 Pogoń Prudnik ponownie została mistrzem Opolszczyzny i wzięła udział w rozgrywkach Pucharu Polski. Odpadła w I rundzie, przegrywając w rzutach karnych 2:4 z Urunią Ruda Śląska.
Po 1990 sekcje piłki nożnej i koszykówki stawały się coraz bardziej autonomiczne. 17 stycznia 1994 powstał jednosekcyjny klub piłki nożnej MKS Pogoń Prudnik, zarejestrowany 17 lutego tego samego roku.