W centrum dziedzińca znajduje się (obecnie nieczynna) studnia z 1530 roku z dwoma marmurowymi filarami.
Kościół jest bazyliką o trzech nawach. Arkady między nawami mają siedem łuków, podtrzymywanych przez sześć granitowych kolumn jońskich po każdej stronie, przy czym pierwsza para została zamurowana, aby stworzyć dwa przedsionki wejściowe. Ponadto dwie pary kolumn zostały umieszczone w ścianach otaczających kaplice na końcach naw. Nad kolumnami arkad znajdują się tonda z 1863 roku z wizerunkami irlandzkich świętych. Powyżej belkowania umieszczono prostokątne okna. Pomiędzy nimi znajduje się XVII-wieczny cykl fresków przedstawiających legendarne sceny męczeństwa św. Agaty, przypisywany Paolo Perugino.
Sufit kasetonowy zdobią rozety i liście akantu, wykonał go Simone Laggi według projektu przypisywanego Domenico Castelli. Podłoga z lat 30. XX wieku zawiera pozostałości oryginalnej XV-wiecznej posadzki cosmatesca. Łuk tęczowy wspiera para gigantycznych jońskich pilastrów.
Nad ołtarzem znajduje się cyborium z XII wieku, zmontowane i postawione w tym miejscu w 1933 roku (wcześniej zdemontowane części leżały w portyku przez trzy stulecia). W jego skład wchodzą cztery marmurowe kolumny wspierające górną część, w której z kolei sześć małych kolumienek z każdej strony podtrzymuje zadaszenie.