W latach przed wybuchem wojny w konwencie odbywały się zjazdy i kursy działaczy Akcji Katolickiej, spotkania inteligencji i zebrania okolicznego duchowieństwa. Ta szeroka działalność została przerwana po sowieckiej agresji we wrześniu 1939. Pomimo szykan i nacisków o. Justyn Spyrłak pozostał ze współbraćmi w czortkowskim klasztorze, zamienionym przez okupanta w większości na koszary wojskowe. Wizytujący klasztor w tym czasie trzykrotnie o. Paweł Kielar pisał, iż „atmosfera gotowości na wszelkie ofiary cechowała wszystkich zakonników. Udzielała się ona także parafii”. Przeor umożliwiał polskim organizacjom podziemnym spotykanie się w kościele. Na przełomie 1939/40 roku w chórze kościelnym odbyło się ślubowanie organizatorów podziemia. W dniu rozpoczęcia powstania czortkowskiego 21 stycznia 1940 konspiratorzy również zgromadzili się w kościele i z niego wyruszyli w kolejnych grupach na akcję.