Śmierć Po ataku Niemiec na ZSRR NKWD dokonało masakry więźniów w Czortkowie oraz innych zbrodni. Opuszczając miasto 2 lipca 1941 rankiem funkcjonariusze NKWD, w porozumieniu z jednostką wojskową, wtargnęli do klasztoru i zamordowali, przy pomocy miejscowych Żydów, wszystkich zakonników, w tym ojca Justyna. Czterech z nich zabito w klasztorze, a o. Justyna i pozostałych wyprowadzono na przedmieście Starego Czortkowa zwane Berdo, nad rzeką Seret, gdzie zostali zamordowani strzałami w tył głowy. Śledztwo prowadzone w latach 90. potwierdziło, iż w egzekucji dominikanów brali udział czortkowscy Żydzi w służbie NKWD: Ignacy Blum przyszły generał LWP i Klemens Nusbaum, przyszły pułkownik LWP. Nusbaum zastrzelił również jednego ze świadków zbrodni.
Wieść o śmierci dominikanów rozeszła się szybko po mieście i okolicy. W miejscu, gdzie leżeli, zebrały się tłumy ludzi. „Niektórzy z zebranych klękali i z największą czcią maczali we krwi chusteczki, inni zbierali do naczyń zakrwawioną ziemię, całowali miejsce, gdzie leżały ciała”. Mimo starań władze nie pozwoliły pochować pomordowanych w grobowcu zakonnym, tylko w miejscu, gdzie zostali oni znalezieni.