12 kwietnia 1945 Rada Wojskowa przy czechosłowackim rządzie emigracyjnym zaproponowała go na stanowisku szefa Sztabu Generalnego Czechosłowackich Sił Zbrojnych i w dniu 15 kwietnia prezydent E. Beneš mianował go na to stanowisko.
Po zakończeniu II wojny światowej pozostał na stanowisku szefa Sztabu Generalnego, był jednym z głównych organizatorów odbudowy armii czechosłowackiej i bliskim współpracownikiem ministra Obrony Narodowej L. Svobody. Był członkiem Najwyższej Rady Obrony Państwa, Rady Wojskowej przy Prezydencie, Rady Doradczej Armii oraz innych organów zaangażowanych w odbudowę armii czechosłowackiej.
Podczas kryzysu rządowego w lutym 1948 roku wspólnie z ministrem obrony L. Svobodą oraz dowódcą 1 Okręgu Wojskowego gen. K. Klapálkiem uczestniczył w inauguracyjnym posiedzenie Frontu Narodowego w dniu 23 lutego 1948, który poparł przejęcie całości władzy przez KPCz. Następnego dnia wydał on rozkaz, który podkreślił neutralność armii.