Szpital miejski w praktyce pełnił funkcję szpitala powiatowego. Leczono w nim ludzi z całego powiatu prudnickiego – z okolic Białej, Głogówka i Strzeleczek. Przyjmowano także pacjentów spoza powiatu prudnickiego. mały|Skrzydło południowe w latach 20. XX wieku Podczas walk w rejonie Prudnika w okresie II wojny światowej, w wyniku sowieckiego ostrzału 17 marca 1945 doszło do pożaru przyszpitalnych szop. Bonifratrzy z prudnickiego klasztoru, wyrzuceni z niego przez żołnierzy Armii Czerwonej, zamieszkali w izolatce szpitala miejskiego.
Szpital Powiatowy (1945–1972) Według wspomnień Antoniego Błaszczyńskiego, pierwszego po II wojnie światowej burmistrza Prudnika, przez krótki okres po wojnie szpitalem miejskim wciąż zarządzali Niemcy, a wśród personelu medycznego pracowali członkowie partii nazistowskiej. Siedzibą szpitala powiatowego stał się wówczas szpital przy klasztorze bonifratrów. Niemcy w szpitalu miejskim mieli odmawiać leczenia Polaków. W szpitalu mieszkał niemiecki ksiądz z Grodkowa, z którym jedna z lekarek była w ciąży. Opuścili oni szpital po „ostrej dyspucie” z polską władzą.