święcenia biskupie przyjął dopiero 1 stycznia 1541 (święcenia diakońskie i kapłańskie przyjął kilka dni wcześniej: 28 i 29 grudnia 1540).
W 1533 przyznał miastu Münster wolność wyznania, jednak gdy zaczęły rosnąć w siłę radykalne odłamy protestantów, próbował je powstrzymać. Gdy władzę w Münsterze w 1534 przejęła komuny anabaptystów, Franciszek na pomoc w jego odzyskaniu wezwał sejm Rzeszy. Energiczne działania biskupa przeciwko komunie wynikały z faktu, że w przeciwieństwie do luteran, anabaptyści nie uznawali jego książęcej władzy. Gdy miasto zostało w 1535 zdobyte, zostało rekatolicyzowane, mimo starań biskupa w celu przywrócenia wolności religijnej. Walka z anabaptystami spowodowała także poważne kłopoty finansowe biskupa. Sam biskup pod wpływem kontaktu z landgrafem Hesji Filipem zwrócił się do nauczania Marcina Lutra i na początku lat 40. podjął starania w celu zaprowadzenia reformacji w księstwach biskupich. Wysiłki te były też powiązane z zamiarem ożenku z Anną Polmann (rzekomo w tajemnicy ją poślubił w 1540) i zachowania jednego z zsekularyzowanych księstw biskupich dla swoich potomków.