Jego starania miały różny efekt. W księstwie münsterskim zostały one odrzucone przez stany księstwa. W Osnabrücku biskup we współpracy z miastem rozpoczął działania w celu przeprowadzenia reformacji. W Minden, gdzie luteranizm już wcześniej miał silną pozycję, prowadził mediację pomiędzy miastem i kapitułą katedralną. W 1542 wziął udział w ataku protestanckiego związku szmalkaldzkiego na księcia Brunszwiku-Wolfenbüttel Henryka II Młodszego. Jednak składane kilkakrotnie przezeń prośby o przyjęcie do związku zostały odrzucone. Podczas wojny szmalkaldzkiej w 1547 stany wymusiły na nim neutralność, a wojska cesarskie wkroczyły na jego ziemie. Utracił wówczas na rzecz hrabiów Oldenburga Delmenhorst (o który spór toczył się już od dawna), ukarany w ten sposób przez cesarza za brak wsparcia. Porażka protestantów w tej wojnie zmusiła Franciszka do wycofania się ze swych planów zaprowadzenia reformacji i odwołania w 1548 podjętych już w tym zakresie działań w biskupstwie Osnabrücku. Kapituła katedralna w Osnabrücku oskarżyła go o herezję przed papieżem, jednak bez skutku, bowiem broniła go kapituła katedralna z Münsteru podkreślająca jego zasługi w odzyskaniu miasta z rąk komuny anabaptystów.