Pracował m.in. w Ośrodku Informacji Naukowej i Bibliograficznej, Bibliotece Głównej Akademii Medycznej w Warszawie (w latach 1973–1981 był dyrektorem), Głównej Bibliotece Lekarskiej im. prof. dr. Stanisława Konopki w Warszawie (dyrektor w latach 1981–1999) i równolegle w Katedrze Literatury Staropolskiej oraz w Katedra Bibliotekoznawstwa i Informacji Naukowej Uniwersytetu Łódzkiego.

Zainteresowania badawcze Janusza Kapuścika dotyczyły polonistyki, historii nauki, kultury, medycyny, bibliografii, biografistyki, bibliotekarstwa, księgoznawstwa, edytorstwa. Był autorem i współautorem ok. 300 publikacji: książek, artykułów, recenzji. Opracowywał hasła encyklopedyczne i słownikowe współpracując z redakcjami „Polskiego słownika biograficznego”, „Słownika pracowników książki polskiej”, „Wielkiej Encyklopedii PWN”, był inicjatorem i redaktorem naukowym słownika biograficznego „Współcześni uczeni polscy”. Był redaktorem naczelnym „Pamiętnika Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego”, „Biuletynu Głównej Biblioteki Lekarskiej”.

Był prezesem Towarzystwa Przyjaciół Książki, członkiem Kapituły Orderu Białego Kruka Zakonu Bibliofilskiego.

Był żonaty z Moniką Kwiecińską (1939–2009), polonistką i dziennikarką;