Wpływ na społeczeństwo Gęste skupiska roślin utrudniają wykorzystanie rekreacyjne akwenów, w tym pływanie łódką czy łowienie ryb. Zakłócenie przepływu może również mieć negatywny wpływ na infrastrukturę, w tym funkcjonowanie małych elektrowni wodnych. Gęste skupiska zapewniają również odpowiednie warunki do rozwoju komarów. Relację pomiędzy tym gatunkiem alternantery a komarami można opisać jako komensalizm, ponieważ komary dostają miejsce wylęgu, a roślina w zamian ani nic nie traci, ani niczego nie zyskuje. Rosnąca populacja komarów może prowadzić do wzrostu ryzyka dla zdrowia ludzi w związku z przenoszeniem różnych chorób.
Zwalczanie Eliminowanie gatunku metodami ręcznymi, takimi jak pielenie lub wyrywanie, o ile nie powoduje skutecznego jej usunięcia, może przyczynić się do rozprzestrzenienia rośliny, kolonizującej nowe obszary nawet za pomocą bardzo małych fragmentów pędów.
Środki biologiczne i chemiczne Do biologicznej ochrony alternantery krokodylowej użyto owadów. Najczęściej stosowany i zarazem najskuteczniejszy jest Agasicles hygrophila;