Selekcja negatywna jest kolejnym etapem delecji klonalnej limfocytów T i zachodzi w kapilarach grasicy z wyspecjalizowanym wysokim śródbłonkiem, na powierzchni którego generowany jest szereg autoantygenów. Związanie się z nimi jakiegokolwiek limfocytu T, generuje jego apoptozę. Na ekspresję autoantygenów grasicy aktywność genu AIRE, którego brak aktywności powoduje ciężki zespół poliendokrynopatii autoimmunizacyjnej z objawami kandydozy i ektodermatodystrofii (zespół APECED).
Po opuszczeniu grasicy limfocyty T nie atakują tkanek ustroju, ale są naiwne tj. nie miały jeszcze styczności z antygenem, na który mają paratopy (specyficzne elementy receptora TCR wiążące się z fragmentami antygenu).
Delecja klonalna limfocytów B w szpiku kostnym Limfocyty pre-B w szpiku kostnym ulegają dwóm zasadniczym mechanizmom delecji klonalnej: selekcji negatywnej oraz edycji receptorów.
Ponieważ receptory BCR wiążące epitopy antygenowe warunkowana jest rekombinacją zmiennych genów VDJ, w przypadku autoreaktywności limfocytu jest możliwa ich wtórna rearanżacja.