Spisek i śmierć Zwrot w stronę Francji i dystansowanie się od Rosji politycy czarnogórscy coraz częściej upatrywali jako zdradę interesu państwowego. Znacznie powiększyło to szeregi opozycji wobec księcia, w której znaleźli się również marszałek Senatu Đorđije Petrović oraz starszy brat księcia Mirko Petrović-Njegoš, powszechnie szanowany bohater wojny z Turcją. w 1856 opozycja przygotowała spisek, w którego wyniku Stevan Perović Cuca miał zamordować władcę. Został on jednak ujawniony, a niedoszły zamachowiec zlikwidowany w Stambule.
13 sierpnia 1860, kiedy Daniel wsiadał na statek w porcie Kotor został zamordowany przez Todora Kadicia, powiązanego z opozycyjnym rodem Bjelopavljciów. Śledztwo nie wykazało związku pomiędzy rodem a poprzednią grupą spiskowców.
Po śmierci Daniela władzę w księstwie objął jego bratanek Mikołaj, syn Mirka, ten z kolei zrzekł się prawa do tronu.
Rodzina 12 stycznia 1855 w Njeguši ożenił się z Darinką (Darią) Kvekić (1837–1892), córką zamożnego kupca serbskiego z Triestu.