W tym samym roku rozpoczął 6-letnie studia filozoficzno-teologiczne na Wyższym Seminarium Duchownym we Włocławku.
23 czerwca 1968 roku otrzymał święcenia kapłańskie z rąk biskupa Antoniego Pawłowskiego w bazylice kolegiackiej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kaliszu. Wspólnie z nim otrzymał święcenia m.in. ks. Kazimierz Rulka.
Wikariat i studia Pierwszą parafią, w której objął wikariat, była parafia św. Stanisława w Bytoniu. Pracował tu od 15 lipca 1968 roku do 29 czerwca 1971 roku. 30 czerwca 1971 roku przeniesiono go do parafii św. Wawrzyńca w Stolcu, gdzie przebywał do 30 kwietnia 1974 roku. Od 1 lipca 1974 roku do 15 czerwca 1975 roku był wikariuszem parafii Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Charłupii Małej.
W 1974 roku rozpoczął studia muzykologiczne na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, które ukończył w 1978 roku. W trakcie studiów, w 1976 roku poznał księdza Jerzego Popiełuszkę, który w kilka lat później zostanie zamordowany na włocławskiej tamie. Młodzi księża spotykali się w weekendy. W przyszłości Szygenda, wzorem Jerzego Popiełuszki także zostanie kapelanem Solidarności. Później wiele przestrzeni w kościele Najświętszego Zbawiciela we Włocławku poświęci jego upamiętnieniu.