Męczeństwo księdza będzie często przywoływane w kazaniach Szygendy.
Z uwagi na studia, w 1975 roku Szygenda przerwał swoją posługę jako wikariusz. W tym czasie doskonalił swój warsztat muzyczny, spędzając dwa miesiące w Paryżu i w opactwie św. Piotra w Solesmes, ośrodku odnowy śpiewu gregoriańskiego. W 1978 roku obronił pracę pt. Analiza źródłoznawcza Graduału Włocławskiego ms. 2 z Biblioteki Seminarium Duchownego we Włocławku, uzyskawszy stopień magistra muzykologii. Praca ta ukazała się drukiem w 1980 roku na łamach publikacji Muzyka religijna w Polsce. Materiały i studia, t. 4.
2 września 1978 roku powrócił do pracy duszpasterskiej, obejmując wikariat parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Lipnie, gdzie przebywał do 7 listopada tego roku. 8 listopada 1978 roku został wikariuszem parafii katedralnej Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny we Włocławku, gdzie pozostał do 31 stycznia 1983 roku.