W 1991 roku odbył się proces rewizyjny (z urzędu), postanowieniem którego wyrok ten anulowano.
W 1985 roku Wydział IV Wojewódzkiego Urzędu Spraw Wewnętrznych we Włocławku umieścił ks. Zbigniewa Szygendę na liście osób przewidzianych do internowania w ramach planu obrony PM-77.
W latach 1988–1989 współpracował z Tajną Komisją Koordynacyjną Tymczasowego Zarządu Regionu Solidarności we Włocławku. Udostępnił wtedy dom parafialny przy kościele Najświętszego Zbawiciela we Włocławku na miejsce spotkań opozycjonistów.
Po objęciu probostwa parafii Najświętszego Zbawiciela we Włocławku w 1988 roku, przez kolejne dwa lata odprawiał w nim msze za Ojczyznę w każdą ostatnią niedzielę miesiąca. W 1989 roku sprzedawał w parafialnym kiosku książki drugiego obiegu, które po upadku cenzury straciły na zainteresowaniu.
Proboszcz na Rózinowie i w Chodczu Od 1 lutego 1983 roku do 21 stycznia 1986 roku ks. Zbigniew Szygenda był proboszczem parafii Chrystusa Króla we włocławskim Rózinowie. Przeprowadził wówczas reorganizację prezbiterium kościoła. Od 22 stycznia 1986 roku do 29 czerwca 1988 roku był proboszczem parafii św. Dominika w Chodczu.