Kapelan Solidarności Wikariat w parafii katedralnej we Włocławku zbiegł się w czasie z epoką Karnawału Solidarności i stanu wojennego. Ksiądz Szygenda roztoczył wówczas opiekę nad środowiskiem pracy we Włocławku. Od września 1980 roku do 13 grudnia 1981 roku był nieformalnym kapelanem Solidarności. Organizował w Katedrze nabożeństwa solidarnościowe, podczas których wygłaszał patriotyczne kazania. Po ogłoszeniu stanu wojennego, pomagał organizować pomoc materialną dla rodzin aresztowanych i internowanych. Nie zaprzestał prowadzenia mszy w intencji ojczyzny i Solidarności. Organizował również koncerty, m.in. w Teatrze im. Horzycy w Toruniu.
Za działalność z lat 1980–1983 był represjonowany przez Służbę Bezpieczeństwa. W 1982 roku Naczelna Prokuratura Wojskowa w Warszawie założyła akta nadzoru ks. Szygendy, oskarżonego o przestępstwo z art. 48 dekretu o stanie wojennym, dotyczące wygłaszania kazań „zawierających fałszywe wiadomości mogące wywołać niepokój publiczny lub rozruchy w kościele katedralnym we Włocławku 14 lutego i 20 lipca 1982 r.”. W 1983 roku w Sądzie Wojskowym w Bydgoszczy odbył się jego proces. Został skazany na rok pozbawienia wolności w zawieszeniu na dwa lata oraz na karę grzywny w wysokości 50 tysięcy złotych. Wyrok ten umorzono przez Sąd Najwyższy w Warszawie.