Tak też były zazwyczaj traktowane aż do drugiej połowy lat 90. XX wieku. Według wyników badań opublikowanych w 2016 struktura pieśni kukułki wschodniej i syberyjskiej jest – wbrew uprzednim doniesieniom – całkowicie rozbieżna, co pozwala na zaklasyfikowanie ich jako osobnych gatunków.
Czasem do kukułki wschodniej, dawniej też kukułki małej (C. poliocephalus), włączana jest też kukułka sundajska (C. (s.) lepidus), która przez autorów HBW jest już uznawana za osobny gatunek, tak jak i przez Roberta Payne’a w The Cuckoos. IOC również wymienia ją jako odrębny gatunek. Na Kompletnej liście ptaków świata wyszczególniona jest jako jeden z podgatunków kukułki wschodniej.
Kukułka sundajska (C. (s.) lepidus) bywa też dzielona na dwa podgatunki – nominatywny Müller, 1845 oraz C. l. insulindae Hartert, 1912. Autorzy HBW nie uznają jego wyróżniania za zasadne, IOC również traktuje kukułkę sundajską jako takson monotypowy. W monografii The Cuckoos (2005) jest on wymieniany, w Handbook of Australian, New Zealand & Antarctic Birds (1999) – również, jednak jako jeden z 4 podgatunków Cuculus saturatus. Dawniej uznawano go za jeden z podgatunków kukułki małej (C.