W 1896, po przyjęciu na Uniwersytet Berliński Stöcker uczestniczyła w zajęciach z zakresu historii literatury, filozofii i ekonomii. Studiowała między innymi u Georga Simmela. W tamtym czasie założyła związek studiujących kobiet – (niem. Verein Studierender Frauen) i prowadziła wykład na temat Friedricha Nietzsche i kobiet. W 1897 Stöcker odwiedziła Nietzsche w Weimarze. Analiza jego filozofii miała decydujący wpływ na opracowaną przez Stöcker teorię „nowej etyki”.
W latach 1897–1898 pracowała dla filozofa, Wilhelma Diltheya przy biografii Friedricha Schleiermachera. 18 maja 1898 w swoim pierwszym wystąpieniu publicznym na spotkaniu protestacyjnym Związku edukacji kobiet – studia kobiet – (niem. Verein Frauenbildung – Frauenstudien) Stöcker wezwała do bezpłatnego dostępu do instytucji edukacyjnych i równości kobiet wśród obywateli. W tamtym czasie była jednym ze współzałożycieli Stowarzyszenia Postępowych Stowarzyszeń Kobiet – (niem. Verbands fortschrittlicher Frauenvereine). W latach 1898–1899 kontynuowała studia w Glasgow. W 1900 przeniosła się do Berna, aby tam ukończyć studia. W 1901 Stöcker obroniła pracę doktorską na uniwersytecie w Bernie. Tytuł jej pracy brzmiał: O spojrzeniu na sztukę w XVIII wieku. Od Johanna Joachima Winckelmanna do Wilhelma Heinricha Wackenrodera.