W 1901–1905 była wykładowcą na uniwersytecie Lessinga w Berlinie. W 1903–1904 przejęła redakcję magazynu „Frauenrundschau”. 5 stycznia 1905 Stöcker wraz z przedstawicielami proletariackiego ruchu kobiecego, takimi, jak Lily Braun i Henriette Fürth, założyła „Stowarzyszenie na rzecz ochrony macierzyństwa i reformy seksualnej”. Rząd federalny dążył do zmniejszenia uprzedzeń wobec niezamężnych matek i ich dzieci oraz do poprawy sytuacji prawnej i społecznej.
W latach 1905–1932 Stöcker publikowała magazyn „Ochrona macierzyństwa” (niem. „Mutterschutz”'), od 1908 (niem. „Die Neue Generation”), organu (niem. „Bund für Mutterschutz”). Stöcker propagowała swoje idee „nowej etyki”, której podstawą było prawo kobiety do samostanowienia nad ciałem i seksualnością. Zarówno kobiety jak i mężczyźni powinni mieć możliwość swobodnego i niezależnego przeżywania swojej seksualności poza małżeństwem. Jej zdaniem miłość nie była jedyną uzasadnioną podstawą jakiegokolwiek związku seksualnego, jedynie małżeństwa.