Wkrótce awansował na kolejne stopnie oficerskie i szybko otrzymał nominację na Szefa Sztabu Głównego. Po aresztowaniach kierownictwa OW „KLON” w maju 1940 roku, jako zastępca Komendanta Głównego, przeniósł siedzibę Sztabu Głównego do Warszawy. W maju 1941 roku został aresztowany i osadzony na pół roku na Pawiaku. Rok później ponownie aresztowany – trzymany był przez ponad dziewięć miesięcy w ścisłej izolacji w więzieniu na Pawiaku, a następnie na początku 1943 roku został wywieziony do obozu koncentracyjnego na Majdanku. Otrzymał numer obozowy 3304.
W obozie na Majdanku Janiszek, wraz z również osadzonym w obozie Witoldem I. Orzechowskim zorganizowali ruch oporu. Dzięki nim zaczęła działać konspiracyjna siatka łączności z częścią organizacji na wolności. Kontakty z cywilnymi pracownikami obozu pozwalały na dostarczanie leków i żywności chorym więźniom oraz przekazywanie wiadomości. Tą drogą Janiszek otrzymał informację o swoim awansie na podpułkownika. W lipcu 1944 roku Niemcy zaczęli ewakuować więźniów obozu na Majdanku do obozu w Oświęcimiu. Z ostatniego pieszego transportu 23 lipca 1944 roku, dzięki pomocy ludności z okolic Kraśnika, zdołała uciec grupa 26 więźniów, a wśród nich Janiszek.