Podczas konferencji mediacyjnej w 1723 Ernest August uznał zwierzchnią rolę Wilhelma Ernesta, ten jednak zgodził się na postulowane przez bratanka wprowadzenie zasady primogenitury.
Wilhelm Ernest był wiernym stronnikiem cesarskim i wielokrotnie stawał po jego stronie w różnych konfliktach. W 1686 przystąpił do Ligi Augsburskiej. W 1687 wysłał cesarzowi oddziały wojskowe do udziału w wojnie z Turcją, a potem jeszcze kilkakrotnie wspierał w ten sposób cesarzy w konfliktach zbrojnych. Po śmierci księcia Saksonii-Jena Jana Wilhelma w 1690 uzyskał dużą część tego księstwa. Nie udało mu się jednak przeprowadzić swoich pretensji do dziedzictwa w księstwie Saksonii-Lauenburg.
Uruchomił pocztę w księstwie, otwierał kopalnie, przeprowadził w 1726 taksację gruntów w celu uregulowania kwestii podatku od nieruchomości. Próbował ściągać do księstwa francuskich hugenotów, którzy opuszczali Francję po odwołaniu edyktu nantejskiego, przyznając szczególne ulgi i prawa (m.in. zwolnienia podatkowe na okres 15 lat) – te działania wywoływały jednak opór lokalnych rzemieślników oraz luterańskiego duchowieństwa.