przed fasadą kościoła, pochodzące prawdopodobnie z czasów gotyckich. Prezbiterium było zakończone półokrągłą apsydą, a do prawej nawy przylegała wysoka kampanila.
W latach 1604 i 1670 udekorowano jego wnętrze (w 1670 pod nadzorem Lodovica Bruzzoniego). Kolejne prace restauracyjne przeprowadzono w roku 1733. Do 1807 roku kościół miał status kolegiaty, zarządzanej przez kapitułę złożoną z dwóch kapłanów tytularnych, diakona i subdiakona, którzy pierwotnie wspólnie zarządzali majątkiem, dzieląc między siebie obowiązki związane z opieką duchową i duszpasterską i sprawowaniem liturgii. Z czasem obowiązki te przejął proboszcz, wspomagany w razie potrzeby przez zakrystiana.
XIX w. Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1810 roku parafia Sant’Agnese została zniesiona, a jej terytorium włączone do nowo erygowanej parafii Santa Maria del Rosario (potocznie Gesuati). Kościół został ogołocony z dzieł sztuki i wyposażenia. Przez pewien czas był wykorzystywany jako magazyn drewna opałowego i węgla.