W czasie II wojny światowej świątynia została uszkodzona (powstała wyrwa w murze), zdewastowane wówczas zostały organy z 1884 roku. Nowe zostały zainstalowane w 1969 roku. W latach 1975–1976 nowa polichromia wewnątrz została wykonana przez Alojzego Gossa z Torunia. W 2005 roku zostały sprowadzone do Wilkowa relikwie św. Floriana. Po wielkiej powodzi z 2010 roku świątynia została gruntownie wyremontowana.
Przy kościele znajduje się murowana dzwonnica z 1921 roku, zaprojektowana przez architekta Karola Sicińskiego. Architektura Budowla jest orientowana, murowana, wzniesiona z kamienia i cegły, otynkowana, posiada jedną nawę. Nawa posiada plan prostokąta, składa się z trzech przęseł pierwotnych i trzech dobudowanych w 1876 roku. Prezbiterium jest nieco węższe, na planie prostokąta, posiada dwa przęsła i jest zamknięte półkoliście. Przy nim od strony północnej jest umieszczona zakrystia z przedsionkiem. Przy nawie od strony północnej znajduje się kaplica Różańcowa otwierająca się do niej arkadą, od strony południowej jest umieszczony nowy skarbczyk.
Na zewnątrz prezbiterium i pierwotna część nawy posiadają przypory. Ściany kaplicy i późniejsza fasada świątyni są rozczłonkowane pilastrami. Nawę nakrywa dach dwuspadowy, z wieżyczką na sygnaturkę i jest pokryty blachą.