Po wznowieniu rozgrywek w Rosji w 1992 zespół debiutował w grupie 4 Wtoroj ligi mistrzostw Rosji. Po zakończeniu sezonu 1994 spadł do Trietiej ligi. W 1996 zrezygnował z występów. W 1997 po reorganizacji klub zmienił nazwę na Burłak Rybińsk i potem występował w mistrzostwach Rosji wśród amatorów. W 1999 zmieniono nazwę klubu na SKA-Zwiezda Rybińsk. Dopiero w 2001 po zmianie nazwy na FSK Rybińsk ponownie startował we Wtorom diwizionie. W 2002 zajął ostatnią 20.pozycję w grupie Zapad i spadł do rozgrywek amatorskich. Po zakończeniu sezonu 2008 klub został rozwiązany.
W 2011 klub został reaktywowany jako Wołga Rybińsk i występował w mistrzostwach obwodu jarosławskiego. W 2014 po zmianie nazwy na Rybiniec Rybińsk startował w Trietim diwizionie, ale w następnym roku zrezygnował z występów profesjonalnych i potem występował w rozgrywkach obwodu jarosławskiego. W 2017 zmienił nazwę na FSK Rybińsk i potem występował w Trietim diwizionie. W 2018 klub przyjął nazwę MFK Rybińsk.
Barwy klubowe, strój NiebieskiBiały Klub ma barwy niebiesko-białe.