mały|220x220px|Katedra Metropolitalna pw. Św. Michała Archanioła w Tegucigalpa mały|220x220px|Katedra San Pedro Sula w San Pedro Sula Religia w Hondurasie od XVI wieku zdominowana była przez chrześcijaństwo, z jego głównym nurtem rzymskokatolickim. Wcześniej dominowała tutaj religia Majów. W Hondurasie Indianie nie mieli siły, ani organizacji, aby oprzeć się szesnastowiecznej europejskiej eksploracji i osadnictwu. Terytorium obejmujące Honduras zostało odkryte dla hiszpańskiej korony w 1502 roku przez Krzysztofa Kolumba.
W wyniku różnych napięć między Kościołem a państwem na przestrzeni wieków, w latach 80. XIX wieku Kościół rzymskokatolicki został pozbawiony części swojej władzy gospodarczej i politycznej. Niemniej jednak w XX wieku Kościół pozostał ważną instytucją społeczną, a zdecydowana większość Honduranów pozostała katolikami. Szkoły kościelne otrzymują dotacje rządowe, a nauczanie religii jest częścią programu nauczania szkół publicznych.
Kościół rzymskokatolicki szacuje, że 63-65% populacji jest katolikami. Według badania przeprowadzonego przez lokalne media badające opinię publiczną, w 2016 roku, 48% respondentów określiło się jako ewangeliczni protestanci, 41% jako katolicy, 3% jako „inne” i 8% stanowili niezrzeszeni.