Według profesora religioznawstwa Andrew'a Chesnuta, Honduras stał się pierwszym krajem Ameryki Łacińskiej, w którym protestanci (39% populacji), przewyższyli liczebnie katolików (37%).
Konstytucja Hondurasu gwarantuje swobodne praktykowanie wszystkich religii, jednakże rząd oficjalnie uznaje tylko Kościół rzymskokatolicki. Wszystkie inne grupy religijne są traktowane jako organizacje pozarządowe (NGO) lub jako niezarejestrowane organizacje religijne, o mniejszych prawach i przywilejach niż Kościół katolicki.
W amerykańskim raporcie o wolności religijnej, z 2019 roku, w ostatnich latach odnotowano zabójstwa protestanckich pastorów. Za śmiertelne ataki przywódców kościołów, mogą odpowiadać lokalne gangi lub handlarze narkotyków.
Inne grupy religijne w Hondurasie obejmują: mormonów (180,6 tys.), świadków Jehowy (22,3 tys.), episkopalian, luteran, prawosławnych (1,8 tys.), muzułman (3,1 tys.), żydów (250), bahaistów, braci morawskich, oraz kilka grup anabaptystów i mennonitów. Niektóre grupy autochtoniczne praktykują mieszankę elementów chrześcijaństwa, z religiami afrykańskimi lub indiańskimi.