W 1986 odbywa się wystawa indywidualna prac Mariana Kratochwila w Muzeum Santa Cruz w Toledo, w tym samym roku władze Hiszpanii doceniły jego zasługi w zakresie malarstwa i pracy artystycznej i nadały mu najwyższe odznaczenie, order "Encomienda de Isabel La Catolica", równocześnie został mianowany członkiem Królewskiej Akademii Sztuk Pięknych i Nauk Historycznych w Toledo. W 1994 miała miejsce wspólna wystawa artysty i jego żony w Polskim Instytucie Kulturalnym. W 1996 Marian Kratochwil po raz ostatni odwiedził Polskę, miała wówczas miejsce wystawa jego prac w Bibliotece Jagiellońskiej, artysta część swoich prac podarował Muzeum Narodowemu w Krakowie, Bibliotece Jagiellońskiej i Muzeum Narodowemu w WarszawieTowarzystwo Przyjaciół Archiwum Emigracji, Sztuka Polska Na Świecie, Marian Kratochwik, Muzeum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu.