zwrot części majątków rozdanych magnatom.
W październiku 1562 roku wydał za Jana Wazę (ówcześnie młodszego brata króla Szwecji) swoją siostrę Katarzynę, która w 1569 roku została królową Szwecji.
Na sejmie w Warszawie 13 marca 1564 roku odstąpił Koronie Królestwa Polskiego swoje prawa sukcesyjne w Wielkim Księstwie LitewskimAkta Unji Polski z Litwą: 1385-1791, wydali Stanisław Kutrzeba i Władysław Semkowicz, Kraków 1932, s. 179–180..
W czasie konfliktu z Gdańskiem, powołał Komisję Morską. Wymusił od Gdańska odszkodowanie i przekazywanie cła palowego. W 1570 roku rozpoczęto budowę pierwszego okrętu królewskiego „Smok”.
W sprawach wiary Zygmunt August zajmował długo postawę dwuznaczną, utrzymywał na swoim dworze kaznodziejów protestanckich i otaczał się protestantamiWładysław Krynicki, Dzieje Kościoła powszechnego, Włocławek 1914, s. 457.. W 1555 roku posiadająca przewagę w izbie poselskiej szlachta protestancka wysunęła na sejmie w Piotrkowie postulat utworzenia polskiego kościoła narodowego, niezależnego od papieża. Wzorem Anglii jego głową miał zostać sam władca. Król popierał ten projekt do czasu, gdy potrzebował wsparcia obozu średniej szlachty przeciwko magnatom. Już jednak w 1564 roku całkowicie z niego zrezygnował, ulegając perswazji nuncjusza Giovanniego Francesca Commendonego.